兖州从事毛玠劝曹操要养军蓄锐发展生产，奉天子以令不臣取政治下的优势。当时曹操对此也非常赞许，但一直忙战争没有实行。现在安定、兖州，实施这项计划的时机便成熟。首先，曹操拥有的挟天子以令诸侯把持朝政，不问世事。杀死董但由于王允处置不当，董卓的早先部将李催、郭汜攻占长安，汉献帝又落在他们手里。李傕、郭汜大动干戈，汉献帝虽然并没有什么实权，但谁得到他，就可以天子的名义发号施令，因此这时像皮球一祥被郭、李和杨奉等其他军阀争来抢去。196年，汉献帝最终在杨奉等人的护送逃出关中。
最先想到利用汉献帝作为政治旗帜的，不是曹操，而是袁绍的谋士沮授。他在袁绍刚刚获得冀州之时，就曾劝袁绍迎接汉天子迁都邺城（今河北临漳甚西闱邺镇、二台村迤东一带），但袁绍鼠目寸光，没心听他的建议。而曹操则不同，谋士荀或等人一提醒他，他就立刻派曹洪领兵西迎汉献帝。后又亲自带兵到洛阳，朝见汉献帝。他觉得自己一时之间无法控制邻近的各方军亊势力，于是借口洛阳宫室倾毁，让汉献帝迁都到许昌（今河南许昌市东)，改年号为建安。从此，曹操总揽朝政，挟大子以令诸侯，取得了政治上一极大的优势，袁绍看到曹橾得势，后悔莫及。
在迎汉献帝都许之后，曹操又开始着手修耕织以蓄军资。曹操自陈留起兵以来一直就被缺粮的情况所困扰，他深知粮食问题解决不白己就寸步难行。更谈不上发展实力。这时，正好部下韩浩劝曹操实行屯田，正合了曹操的心意。于是曹操就任命任峻为典农中郎将，负责管理屯田事亿他们招募流亡农民，止他们幵垦荒地。规定用自家的牛耕种者，向玫府交纳收获物的一半。用官家提供的牛耕种者向政府交纳收获物的六成。后来，在些军事驻地又实行了军屯，让士兵也从事生产，彻底解决了军粮不足的问题。屯田制的实行为曹操后来扫灭群雄提供了坚实的经济基础。曹操在兖州扎根之后，面临着很多对手，北边有袁绍，南边有袁术，东边有吕布，西边有张绣。袁绍当时巳经非常强大，曹操知道暂时不能与他争锋，于是并不与袁绍正面冲突，而对于其他势力则实行各个击破的策略。
他首先拿张绣开刀。张绣很知趣，他见打不过曹操，很快便投降了。但不久他降而复叛，出其不意围攻曹操，弄得曹操折了爱将典韦，又赔了儿子曹昂、侄子曹安民的性命，结果张绣还是没能立刻解决掉。到198年底张绣才再次被招降。倒是袁术这个富家无能子弟很容易对付，他一见曹操来攻，便望风而逃，退到淮水之卤，从此一蹶不振，吕布虽有勇力，但刚愎自用，又缺乏谋略，曹操利用他出尔反尔的性格。拆散广他和袁术的联介，最终于下邳城将他擒获，缢死于白门楼。张绣、袁术等势力被消灭之后曹操就控制了广大地区。袁绍在黄河以北势力扩展得也很迅猛，他打败了幽州军阀公孙瓒。