曹操与袁绍决战，双方在官渡相持不下。曹操眼看军粮即将耗尽，就写信给荀彧，询问他是否可以退守许都。荀彧见信后，非常焦急。赶忙回信说：现在您军粮虽然很少，但比起当年楚、汉之争时，双方在荥阳，成皋间相持时期汉高祖刘邦所面临的困雉程度还是要好一些的。当时刘邦、项羽都不肯先退，因为他们知道先退的话在形势上是不利的。您现在以只及对方十分之一的力量，守卫官渡，扼住袁绍的咽喉，使他不能前进，已经有半年了。这正是事情容笏发生突变的时机，也是出奇制胜的好机会，怎么能够较言放弃呢。曹操收到信后，认为他讲的非常有理，于是取消了退兵的念头，继续坚守。后来果然以奇兵袭击袁绍屯粮的乌巢，大败袁绍。令人惊叹的进，荀彧不仅对形势的判断正确无误，就连一些细节荀彧估计的也毫厘不差。审配因为许攸家人犯法，囚禁了他的家属，许攸一怒之下背叛袁绍。颜良、文丑之类有勇将之称的人物全都死在疆场。田丰也因为强谏时被袁绍杀害，201年，曹操想要趁着袁绍刚刚被打败的这个空隙进攻南方军阀刘表。荀彧又适时地劝止了曹操，他指出：袁绍被打败之后，他的手下离心背德，我们应该趁着他内部混乱，一举将他平定。如果这时远征，一但袁绍卷土重来，攻击我们的后方，我们岂不是瞋背受敌吗？曹操在他的劝阻下继续进攻袁绍。后来相继消灭了袁绍的儿子袁谭、袁尚。203年，曹操因为荀彧前后的功劳，上表封荀彧为万岁亭侯。
204年，曹操被封为冀州牧。有人劝曹操恢复以前九州的设置，认为这样就可以将冀州领地扩大。曹操当时头脑一热也想要依照这个建议行事，荀彧却知道这样做的话会惹来无穷祸患，他对曹操说：按照士制冀州应当包括河东、冯翊、扶风、西河、幽、并等地，一旦恢复就需要侵夺很多人的领地，弄得人人内危。关西诸将如果听到这个消息，一定会发动叛乱，这样袁绍的儿子袁谭就可以得到喘息，刘表也能够保据江、汉，荆，天下就不容易平定了。希望您能先起码平定河北，然后汝南方向伐刘表，止天下人都知道您行事出于公意。天下大定之后阵来恢复古制，这样才会有利于社稷的於治久安，曹操听完后不住的点头，遂不再考虑恢复九州这样的问题了。