外戚何进晋升大将军，朝中上下，无不拜贺。杨赐也想趁机化解孔融与外戚之间的过节，便派孔融前去谒见道贺。他孔文举哪能来这套，舍失身份，岂能为五斗米折了他名士之英气。就撂下帖子，拂袖而去。此事传出，河南官戚顿时觉得颜面扫地，气得何进要找人追杀孔融，以泄心头之恨。这位大将军当时还有几个有见识的门客，劝阻道：将军息怒，孔文举，有如众星之北极星。将军若是结怨此人，恐怕四力之士便也远离而去了。将军不如礼遇之，以招来封赏。何进恼然醒悟，便拜孔融为侍御史，但孔融最终托病在家不去。董卓当权时，孔融为议郎，出言不忌，处处顶撞这位霸王。董卓嫌他碍眼，便调他到北海镇压黄巾军起义去了。
到了北海，孔融认为自已反而是遇到发展自己才能的大好时机到了，便全身心地投人到了北海的安定与建设上。孔融意气风发，集合民众，起兵讲武，发布檄文，大造声势，好不热闹。黄巾军将领一看一介书生手无缚鸡之力，有何可怕？调转头来，从冀州回来了。孔融挥师逆击，孰料被张饶打得溃不成军，只好收拾残众，退保朱虚县。孔融虽败犹勇，立刻整顿部下，重建家园。修城邑，设学校，传播儒术，打理得井井有条，深得人心。时四方士人莫不赞叹，直称其为孔北海不料，黄巾再次袭来，孔融出屯都昌（治今山东昌邑市内），被围。无奈，这位书生打仗实在不行，只好遣东莱太史慈求救于刘备。刘备一听，孔融有事求救于他，当时就惊得失声道：孔北海还知天下有我刘备这人物呀！赶紧派自己的心腹爱将率兵3000，以解孔融之围，孔融满腹经纶，与陈琳、王粲、刘桢等人被后世评为建安七子。可这位学无所遗，辞无所假的孔文举，对军事、政治却难称深谙其道。他要正君臣，明纲法，除逆臣。他不屑与当时称霸一方，但谋篡之心路人皆知的曹操、袁术为伍。可名气又不是法海的僧衣，罩不住整个北海。傲气也不能当护城池，如何能抵御外面的千军万马？6年之后，当袁谭来攻时，他孔融也只好含着他那口傲气，在谈笑自若的名士风范掩护下，丢妻弃子，深夜出城，亡命山东。