曹操挟天了以令诸侯，迎汉献帝到许县（今河南许昌）孔融再次得到了升职。带兵打仗，孔融不行，引典据经，匡正礼仪，可是他孔融的拿手好戏。所以当孔融引经定仪的时候，其他公卿大夫们也只有署名的份了。汉太傅马日磾奉昭出使山东，后被袁术逼为军师，马日磾太傅自恨失职失节，呕血而毙。当时朝廷上下皆以为要追封、加礼。而孔融却不以为然，说：马日磾奉节出使，应刚正不阿，不应曲媚奸臣。再则，依汉律，和罪人交住3天以上者，皆以作知情论处。袁术妄图篡位，非一朝一夕之事，他马日磾岂有不知之理。当年《春秋》记鲁叔得死曰臣卒，而不书就是因为他知公子杨襄仲弑君而不揭发，没有尽职，按评当诛。所以今天，虽然圣上悲悯旧臣，但是前无成例，不宜加礼。孔融都搬出了本朝成例，儒家铃书，振振舍词。其他人虽然悲之以人情，但加礼之事也只得作罢。
孔融的好客也是出名的，座上客常满，樽中酒不空是孔融日常生活的写照。这样以为文坛领袖、舆论精英，曹操如果不能控制住，只怕是尤法相容，曹操要专政，要篡权，这巳是全天下都知道的秘密了。孔融对他的鄙夷与日俱增，对他的嘲讽也越发刻薄，曹操攻城掠地，血腥屠杀。一日，攻下邺城，俘虏了袁绍之子哀熙的妻子甄氏。这甄氏生得是花容月貌、清雅脱俗，仿佛不食人间烟火的仙子。曹丕一见惊为天上人，立即纳入私囊，娶了甄氏。孔融得知此事之后，大为嘲讽，写信给曹操，称武王伐纣，以妲己赐周公。妲己是商纣王之妃，被认为是商亡的祸水，孔融此语其为尖刻。开始曹操没明白什么意思，以为是出自什么典故，自己不知道，便向孔融讨教。孔融讪笑答道：不是什么典故，只是就此事，突发感想而弄得曹操隐忍含羞灰头上脸。
曹操制禁酒令，孔融连连上书，侮慢之辞甚多。又有狂生祢衡者，数次侮辱曹操，而孔融却与他意气相投，使得曹操十分不爽。终于，曹操再也耐不住性子了，对孔融渐渐动了杀机。遂令丞相军谋祭酒路粹网罗孔融的罪状。这路粹原是名士蔡邕的学生，也是写文章的一把好手。孔融其看重礼、道，路粹就写孔融在北海当年心思不纯、图谋不轨。要造反。又说孔融不东朝仪，衣冠不整入宫，唐突宫廷。再加以与布衣祢衡一起大放厥词，二人相互吹捧。祢衡说孔融是仲尼不死，孔融赞祢衡是颜冋再生，要曹操严惩以戒天下。这一纸罪状一出，非但要了这位爷的性命，还将孔融弃于市，下令不准收尸，好不残忍！幸好有人为孔融收敛，才使孔融那多年的傲骨终于入土为安。所幸，孔融可以死以瞑目。孔融被收监，两个幼子还在戏耍。当时，大儿9岁，小儿8岁。