太史慈自从为东莱郡赢得诉讼，名头虽然响了起来 ，但州官为这件事对他恨之入骨。在家乡自然是地方官最大了，太史慈只好避居而走，这一段时间，他多大没怎么露过面。不久，孔融被黄巾军管亥部队包围，突击不果，情势危急。太史慈的母亲对孔融心存感激，于是让太史慈投奔孔融。肯巾军对都昌围而不攻，围得也不严密，太史慈于深夜乘隙潜人城内。见到孔融后，便要求带兵出战，孔融以众寡悬殊，不同意。他的意见是向靠近都昌的刘备求救。不过此时黄巾军已加强围攻，孔融帐下众将都认为不可能冲出。太史慈请命出城求救，孔融起初不同意：现在管亥围城越来越紧，大家都认为冲不出去。你虽有意助我，但要从层层重围中冲出又怎么可能呢？太史慈回答：以前落难时，府君您厚怠相赐，对我的老母亲也很好。老人家感激，才让我来替您解围，她是认为我肯定能出上一份力啊。现在形势紧急，大家都认为冲不出去。我也知道可能性不大。不过，我既然来了，就一定要对答应过母亲的话负责。何况，目前正是我报答您的最好机会呢，希望您不要再犹豫了。孔融见他坚决，只好同意，于是就给他准备弓箭、干粮。
第二天清晨，太史慈背弓上马，带着两个骑兴作随从，这两人一人手里拿一箭靶，就开门出城。刚到城门口，外边管亥人马看见，立马围上来。太史慈旁若无人，树好靶子，啪啪射了几箭后收队回城。次日清晨接着出门射箭，黄巾兵看见还是那个人，有的已经不搭理他们了。太史慈射完箭，又打道回府。黄巾军不知他们意欲何为，也懒得管了，反正没什么威胁。太史慈出来时，他们无动于衷你爱射，射去，不射人就行。太史慈料到他们已经松懈，于是在第二天例行公事完毕后乘机突围。他突过去时，管亥的人马还莫名其妙呢这人不是射完箭就回去吗？有几个人发觉后要追，被猿臂善射的太史慈左右开弓射倒。太史慈到了平原，见到刘备，陈述情形。他见刘备有些犹豫，于是说，太史慈本来只是东莱郡的小吏，与孔府君既不是骨肉之亲，也无同乡之谊，只因受其爱重才临危赴难，与他共担围城之患。现在来见您，一方面是因孔府君在都昌的局势已经危机，另一方面也因为他仰慕您的高名厚德，才让我在急难之时冒着性命危险，冲出来求救于您。现在也只舍您能救得了他了。刘备被他捧了一下，自然高兴。对他冒死出救的行动也颇赏识，于是决意救都昌之围，他亲自选拔3000兵将给太史慈，前去救孔融。黄巾军见援军到来，也就解围。孔融获救，自然对太史慈更为赏识，引以为少友。不过，太史慈虽然帮他解了围，但对在他手下任事并不感兴趣，他觉得孔融实力不够。他托词回家禀告母亲解围情形，离开了孔融。
渡过长江到了曲阿，太史慈以老乡身份求见扬州刺史刘繇。按说太史慈名气不小，也是个人才，可刘繇偏偏不识货。手下人纷纷劝他任太史慈为大将军，他只一笑：我要是任太史慈这种轻狡的人为大将，许劭这样的大名士还不知怎么笑话我呢。看来他是对太史慈在洛阳的行径耿耿于怀，后来只派给太史慈侦察职务。当时孙策在江东大肆开拓，已攻到曲阿，两军对峙。本来太史慈职位低，没有和孙策直接交手的可能，可生性冲动的孙策还是给末做成将军的太史慈一个机会，让他为我们上演了斗小霸王的精彩一幕。
孙策好动，与其父一样喜欢独自出行。这一次，他在前线居然只带几个将领，就下到高处探视地形去了。他的行动，正好被精明的太史慈看见。机不可失，他不顾刘繇禁令，带了几个人就直奔孙策而去。两行人马接触，太史慈直取孙策。这两人功夫相当，当然难分胜负。孙策抢到太史慈背后的戟，太山慈也抓了孙策的头盔。将遇人才，祺逄对手更加难分难解。这时，两方面大部人马来救，太史慈已撤退，两人这才开。这一斗为太史慈将来效命江东埋下了伏笔。英雄惜英雄，敌方的孙策对功夫了得的太史慈自此有了招纳之意。巧的是两人再见寸太史慈成了孙策俘虏。
刘繇败后，太史慈逃命芫湖一带，在山中做起大卫。这时孙策带人很快攻到。太史慈招抚当地少数民族，要与孙策杭衡。不料刚一交战，就被擒获。於策亲自为他解缚，捉住他的手，开玩笑说，还记得上次咱们决斗你说捉住我要如何处置吗？太史慈回答：当时我是想杀了你，说不定一刀把你剁了。孙策大笑，拜他折冲中郎将。此后，太史慈一直为孙氏集团效命。
孙策死后，太史慈在孙权帐下未得重任，初期派他在南部负责对付刘表的侄子刘磐，委以南方之事。后来，就只是个普通将领了。206年，太史慈病死，时年40岁。临死前，太史慈曾哀叹：丈夫生世，当带七尺之剑，以升天子之阶。现在志叫还未完成，怎么就要死了呢？这句代表心里的话，说叫他一生奋斗，正是为广成功名、立伟业。